Les missions du CNCC sont prévues à l’article 3 du Décret n° 98/311 du 9 Décembre 1998 portant réorganisation du CNCC qui dispose que :

Le CNCC assure l’assistance et la défense des intérêts des chargeurs sur toute la chaîne de transport, en vue de contribuer à la promotion du commerce international. A cet effet il est chargé :

1. de rechercher et de mettre à la disposition des chargeurs toutes informations nécessaires à l’exercice de leurs activités ;
2. d’assister les chargeurs, par la constitution des dossiers, dans les instances au sein desquelles ils sont appelés à participer ;
3. d’œuvrer à la facilitation et à la simplification des procédures en transport et commerce international;
4. d’examiner tous les problèmes techniques, juridiques et économiques liés au fret, en vue d’y trouver des solutions adéquates.

En outre, le CNCC est chargé de toutes actions concourant à la promotion de la profession de chargeur, en liaison avec les services publics et organismes compétents.

Certaines missions du CNCC en l’occurrence celles relatives à la facilitation et à la simplification des procédures en transport et commerce ont été modifiées par le décret n° 99/37 du 23 Février 1999 rapportant certaines dispositions du décret n°98/311 du 9 Décembre1998 réorganisant le CNCC. Cette modification avait particulièrement pour but d’extraire la gestion du Guichet Unique des Opérations du Commerce Extérieur des attributions du CNCC.